Первая публичная бета-версия системы была выпущена 23 сентября 1997 года на Professional Developers Conference^[en][5][6]. Изначально система носила название Windows NT 5.0, поскольку была следующей крупной версией Windows NT после Windows NT 4.0, однако 27 октября 1998 года она получила собственное название Windows 2000^[7]. Финальная версия системы была выпущена для широкой общественности 17 февраля 2000 года^[8].

Windows 2000 выпускалась в четырёх изданиях: Professional (издание для рабочих станций и опытных пользователей), Server, Advanced Server и Datacenter Server (для применения на серверах).
Также были выпущены издания Windows 2000 Advanced Server Limited Edition и Windows 2000 Datacenter Server Limited Edition, предназначенные для работы на 64-разрядных процессорах Intel Itanium^[9][10].

Впоследствии Windows 2000 была заменена операционными системами Windows XP (на стороне клиента) и Windows Server 2003 (на стороне сервера). По состоянию на 2005 год Windows 2000 сохраняла свою популярность, особенно в крупных компаниях (где обновление операционных систем на большом числе компьютеров связано с серьёзными техническими и финансовыми трудностями); согласно исследованию компании Assetmetrix^[en], её доля среди операционных систем Windows для рабочих станций в компаниях с более, чем 250 компьютерами, составляла более 50 %, в то же время в компаниях с менее, чем 250 компьютерами, Windows XP более популярна.

Корпорация Microsoft 30 июня 2005 года прекратила основную поддержку операционной системы Windows 2000^[3], а 13 июля 2010 года — расширенную^[4].

По данным веб-аналитики от Net Applications, по состоянию на июль 2016 года Windows 2000 (Server) практически не используется^[11].